Negara ini mempunyai luas 45.227 kilometer persegi dan sama sekali tidak mempunyai gunung.
Estonia mempunyai rata-rata ketinggian lahan sekitar 50 meter serta titik tertinggi hanya 318 meter.
Lebih dari setengah wilayah negara ini adalah hutan serta lahan basah, tempat hidup berbagai hewan liar.